公元前207年冬天，赵高做了丞相，朝政专权，谗害忠良。因秦军的退却，二世派人责让章邯。章邯恐惧，派长史司马欣去请示。司马欣到了咸阳，留在司马门3天，赵高不接见，有不信任之意。长史司马欣心里害怕，急忙逃回军中。他怕有人来追杀，没有敢走原路。赵高果然派人追赶他，没有追上。

司马欣到了军中，向章邯报告说：“赵高居中用事，下面的人不可能有所作为。如今仗能打赢，赵高必定嫉妒我们的功劳；仗打不赢，免不了被处死。希望将军深思熟虑。”陈余也送给章邯一封信说：“白起为秦将，向南攻拔鄢、郢，向北坑杀马服，攻城略地，不可胜数，而最后竟然赐死。蒙恬为秦将，北逐匈奴，开辟榆中几千里的地域，最终竟然斩于阳周。

为什么呢？功劳太多，秦不能按功行封，因此罗织罪名，用国法杀死他们。如今将军为秦将三年了，所损失的士卒以十万计，而诸侯军同时并起，越来越多。那个赵高一向谄谀，为时己久，眼下形势危急，也怕二世杀他，所以打算用法杀死将军，借以推卸责任，另外派人替代将军，以此来摆脱祸患。将军在外时日已久，朝廷中很多人与你有隔阂，有功也是被杀，无功也是被杀。

况且天要亡秦，无论是愚笨的人还是聪明的人全都知道。如今将军在内不能直言规谏，在外为即将灭亡的国家的将领，孓然孤立而想长期存在，岂不可哀！将军何不倒戈与各路诸侯联合，签订和约，共同攻秦，割地为王，南向而坐，称孤道寡；这同自己伏砧受戮，妻子被杀，哪个比较好一些呢？”章邯犹豫不决，暗中派军侯始成到项羽营中，想要签署和约。

和约没有商妥，项羽让蒲将军昼夜领兵渡过三户津，扎营漳水南岸，与秦军交战，又一次打败了秦军。项羽率领全军士卒在污水上攻击秦军，把秦军打得大败。

章邯派人去见项羽，打算订立和约。项羽召集军吏商量说：“军中粮少，想允许他签订和约。”军吏都说：“好。”项羽就与章邯订期在桓水南岸殷墟相见。已经缔结了盟约，章邯见到项羽，涕泪交下，向项羽诉说赵高的种种行径。项羽就立章邯为雍王，安置在楚军营中，使长史司马欣为上将军，率领秦军为先行部队。汉元年十一月，担心秦军突然暴动，项羽不能保证能够制服他们。二十万秦军降卒被项羽坑杀于新安（河南渑池城东）南，章邯由此背上了“秦奸”的骂名。