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改革丞相罢置之后，朱元璋又对监察机构御史台进行改革。
​洪武十五年（1382年），改御史台为都察院，“职专纠劾百司，辨明冤枉，提督各道，为天子耳目风纪之司”。都察院设左右都御史、左右副都御史、左右金都御史，以及十三道（一布政使司为一道）监察御史，分掌十三道，监察、检举各级官吏的不法行为。朱元璋赋予都察院极大的权力，“凡大臣奸邪、小人构党、作威福乱政者，劾。凡百官猬茸贪冒坏官纪者，劾。凡学术不正、上书陈言变乱成宪、希进用者，劾。遇朝觐、考察，同吏部司贤否陟黜”。尤其是监察御史，虽只是正七品官，却“主察纠内外百司之官邪，或露章面劾，或封章奏劾”，权力极大。朱元璋此举旨在以小制大，以内制乱
​。此外还专设六科给事中，以稽察六部百司之事，成为专事六部的监察机构。理刑审狱时，都察院须和大理寺、刑部共同进行，合称“三法司”，避免“专于一司”的弊端。军队建置。朱元璋于洪武初置大都督府，由大都督节制中外诸军。洪武十三年，又改大都督府为中、左、右、前、后五军都督府，然只掌兵籍、军政，不能直接统领军队。选授军官之权则由兵部掌管，而调遣、发兵指挥权则握于皇帝手中。军队的编制为卫所，“自京师达于郡县，皆立卫所”。大体每卫5600人，置指挥使统领。每卫下辖5个千户所，每千户所1120人，置千户为指挥官。每千户下辖10个百户所，每百户所112人，长官为百户。其下设二总旗，每总旗下辖5小旗，每小旗10人。府县各卫归各布政使司的都指挥使司管辖，其上归统于五军都督府。军士另立“军户”之籍，且世袭，不得随意脱籍。每逢征战，由皇帝下旨，兵部发起调兵之令，都督府长官则奉命统领卫所兵出征。战事结束，总兵归还将印，兵士返归卫所。
​军制上的改革，极大地加强了皇帝对军队的控制。朱元璋分置行政、监察、军事机构，使之各自相对独立，不相统摄，却互为制约，其目的正在于“我朝罢丞相，置五府、六部、都察院、通政司、大理寺等衙门，分天下庶务，彼此颉顽不敢相压。事皆朝廷总之，所以稳当”。由此将朝廷内外大权独操于皇帝一人手中，专制主义中央集权因此得以空前强化。

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