唐睿宗只是一个傀儡皇帝而已，武则天强行命令其躲在别殿中，不让其干预任何的朝政，武则天控制着朝中所有的军政大权。武太后又派人逼迫着废太子李贤自杀而死，而且还把唐中宗远远地迁移到了房州。随后，她就开始大刀阔斧地进行变革，公然提拔武氏子侄担任重要官职，从而排斥皇族李氏与朝廷旧臣。武则天的做法将很多大臣都激怒了，柳州司马徐敬业等悄悄地联络了不少文臣武将，在这一年的九月举起了征讨武则天的大旗。徐敬业等人没用多长时间就在扬州召集了十多万兵马，想要杀入京师，将武氏家族消灭。这个消息传到皇宫的时候，上官婉儿的心情是相当复杂的。

一方面倘若这一次徐敬业等人的起兵能够取得成功，那么她的家仇就可以报了，也可以借此对祖父与父亲等亡灵有所安慰。另一方面，在与武则天和平共处的几年当中，她心中已经慢慢地开始敬仰武则天果断，千练的政治气度与杰出的才能。回想着武则天执掌大权一来，所推行的劝农桑，薄赋徭以及息兵戈等措施，已经让这个国家逐渐地呈现出了富国强兵的盛世景象。这个年纪已经很大的老人，可以不受世俗偏见的约束，做了很多前人连想都不敢的事情，最后终于以一个十分坚强的女子形象站在了变化莫测的政治舞台的中心，而且不少措施在实施的时候，不仅非常有深度，而且更是相当有气度的。

这种安定而繁荣的局面已经连续维持了几十年，现在没有原因地就发动战争，不仅不会让自己的国家强大起来，而且只还会给百姓带来巨大的灾难。根据整个时局来看，天下安堵，坚如磐石，想要以一隅之地，数万之兵来对整个唐朝进行对抗，就好像蚍蜉撼树一样，不自量力，徐敬业等人的行为真的是太不明智了。就这样上官婉儿想着想着，心中的天平就已经慢慢地偏向了武则天皇后那一侧了。永昌二年，也就是公元690年，武则天觉得虽然朝政大权在自己手中，但是自己终究不是一国之君。于是，她干脆改了国号，做了真正的皇帝。她以周代唐，改元天授，由各位大臣议上尊号，称为神圣皇帝。已经67岁高龄的武则天终于如愿所偿，正式坐上了皇帝的宝座，成为了我国历史上第一位，也是唯一的一位女皇帝。在武则天登基称帝的前后，上官婉儿一直在为武则天做事。

特别是圣历以后，也就是公元698年之后，不少政制，祭拜祝词，诏书以及加官晋爵的命令，都是由上官婉儿负责的，就连朝廷大臣们上奏的表彰也让她一起参议决断。经过十多年的磨练，上官婉儿早已经对拟定一应文件十分顺手，而且表现出了非常出色的应变能力，成为了武则天政治生涯中至关重要的得力助手与亲密伙伴。武则天不但把上官婉儿当作是她的政治心腹，而且就连她那些不堪的私生活也从来不会避开她。武则天的私生活相当放纵，身边养着不少长得很漂亮的男宠。她开始十分宠幸僧人薛怀义，后来又喜欢上了张昌宗，张易之两兄弟，并且为这两兄弟加官晋爵，十分宠爱与纵容。有的时候，武则天还带着女儿太平公主，驸马武攸暨以及上官婉儿等人与张昌宗，张易之兄弟在后宫尽情地寻欢作乐，其行为相当放荡，没有一丝一毫的顾忌。上官婉儿看到张昌宗长得一表人才，风流倜傥，而且又很懂得讨女人欢心，时间长了，上官婉儿也对他春心摇动。