1863年（同治二年）1月中旬，多隆阿率部开始与陕西回乱武装作战。20日，解同州城之围，歼回乱武装近千人，随即从同州向洛水以南的王阁村和羌白镇发起进攻，1863年二月，多隆阿攻占回乱武装在同州的两个重要据点羗白镇和王阁村，于3月19日占领了回乱武装的这两个重要据点。5月19日又攻破仓头镇。

九月攻占苏家沟和渭城湾，歼灭回乱武装一万七千多人。回军经过几次败仗，损失惨重，于是从陕西东部地区向西转移，集中于泾阳、新陵、咸阳一带。9月初，多隆阿进至西安，对回乱武装“招抚”，派人到回乱武装中劝降，个别回乱武装头领接受多隆阿招降，向清军投降。此时西安已被包围了15个月，“粮米穷蹙”。多隆阿为解西安之围，率军攻打渭城回乱武装的主力，渭城城防坚固，清军久攻不克，最后多隆阿亲自带200人夜间爬城成功，攻克渭城，回乱武装被歼灭2万多人。随后多隆阿连续收复了兴平，武功，10月初，清军向回乱武装发动进攻。13日，攻占高陵县城。随后，分派陕西提督雷正绾和总兵曹克忠各率一军共同扼守咸阳，截断回乱武装西退之路，他则亲率主力从高陵渡泾水进逼苏家沟回乱武装据点。回乱武装则依托地形，拼死抵抗。多隆阿利用马队从旁横冲穿插，将回乱武装分割击败。多隆阿军队连占苏家沟和渭城两地。1863年12月，多隆阿派总兵陶茂林部到达凤翔，被围困了460多天的西府大城得以解围，清兵猛攻凤翔，回乱武装和清军死伤都很惨重，护城河“水朱如血”，凤翔城终于被破，陕西回乱武装在伤亡惨重的情况下经过醴泉（今礼泉）、乾州向西败退入邯州（今彬县），当时回乱武装算上家属，约十五万人，不久转入甘肃东部地区。12月24日，多隆阿奉清廷上谕任西安将军。

至此陕西回乱武装被迫向甘肃撤退。多隆阿在将陕西回乱基本镇压下去之后，又策划向甘肃进军。但是，蓝大顺等率领的李、蓝起义部队这时还占领著陕西盩厔（今周至），多隆阿为了解除西征时的后顾之忧，又亲率马步10营向盩厔发起攻击。

盩厔在西安以西约200里处，城墙高厚，蓝大顺等率起义军在城内屯粮积薪，严密设防。多隆阿军队利用地道以地雷轰城，同时发起强攻，皆未成功。多隆阿见部下死伤累累而城不能克，心急如焚。1864年3月30日，他亲自击鼓督阵，再次强攻，头部被起义军鸟枪击中。次日城破，蓝大顺等退向陕南。而多隆阿因伤重也于5月18日去世。

至此，陕西回乱第一阶段基本被平定，达斡尔族将领多隆阿,作战勇敢,将回乱武装赶出陕西,救了百万陕西人的命.当年,关中到处都有多将军的忠义祠,很多人家的家谱都记载有多隆阿是救星，多隆阿在陕西对回乱武装采取了严厉的打击政策，招抚很少，基本是歼灭，这也是形势所迫，回乱武装见形势不妙就投降，过后见机又叛乱，反复无常，且对陕西甘肃非穆斯林百姓进行了种族灭绝性的大屠杀，因果报应，回乱极端分子也是死有余辜，不值得可惜。