窝阔台封地和察合台封地与元朝关系紧张，归根结底就是兄弟国间利益的冲突，窝阔台系和察合台系一直站在一起，他们看到自己渐渐弱小，而拖雷系越来越强大，心理上自然不舒服，拖雷系将他们的疆域压制得越来越小，他们自然心理不服，不服只有拖雷家垄断了大汗之位。

忽必烈大汗汗国在1271年改为元朝，元朝成功过渡成中原王朝，迁都大都是个例子，可海都却不安宁了，他瞧不起忽必烈汉化政策，认为他是叛徒，而自己却是真正蒙古大汗，几次攻取和林，都被忽必烈打退。察合台后来又恢复过来，他担忧的西面旭烈兀汗国的侵袭，拖雷家伊儿汗国在西部已对他们构成威胁，东面元朝也一样，海都一败，窝阔台封地渐渐被吞并，察合台也受到东西压力，在他们眼里岂能容拖雷家一直独享大汗宝座呢，因此他们是不容拖雷家坐大的。

后来，海都又将汗位交给八剌的儿子都哇。虽然海都曾打败都哇老爹八剌，但既然汗位是海都给的，他自然听海都的，和忽必烈斗。

后来，海都在和忽必烈作战中受伤去世，都哇这时候不想受窝阔台汗国控制，就投靠了忽必烈，和海都的儿子察八儿打起来，并吞并了窝阔台汗国的大部分土地。

由此可见，所谓窝阔台后人、察合台后人反对忽必烈，根本的原因，并不是忽必烈夺去了阿里不哥的汗位，而是为了自身利益。

贵由时期和拔都几乎开战，蒙哥清洗窝阔台和察合台后王势力，根本说来都是中央权力和地方势力的矛盾。忽必烈即位之后，先后与阿里不哥、北方汉人将领李璮和南宋开战，把统治和扩张的中心放在汉地和南方，这种情况下，位于中央之国东方和西方的诸王不趁机扩张是不可能的。因此西北诸王和东道诸王都采取了扩张行为。只不过西北诸王的扩张行动几乎与进攻南宋重合，因此取得了重大成果，之后和元朝一直进行拉锯战。而东道诸王到至元二十四年才开始反叛，导致被镇压而已。

忽必烈也向海都发出了诏令，但海都拒绝前往。这次“忽里勒台”大会最终没能如约举行，而以后的元朝皇帝虽空有大汗的名号却再也无法召开全蒙古的“忽里勒台”大会。规模空前的大蒙古国，尽管一度如日中天似地辉煌，却也似昙花一现似地短暂，它真正统一存在的时间不足六十年。大蒙古国时期的波斯历史学家志费尼，在其《世界征服者史》一书中反复吟诵道：“这始终是蓝色天轨的习惯，当他看到满足时，就很快使它破灭。”