方孝孺的妻子郑氏和两个儿子方中宪、方中愈上吊死了，两个女儿投秦淮河而死。家人之后，他的亲戚朋友也都遭了殃。每抓到一个，都带到方孝孺的面前，让他看看，再行千刀万剐，一共杀了七天，八百七十三人。方孝孺镇定自若，不为所动，还忙里偷闲，做了一首绝命诗，古色古香——“天降乱离兮，孰知其由？奸臣得计兮，谋国用犹。忠臣发愤兮，血泪交流。以此殉君兮，抑又何求？呜呼哀哉兮，孰不我尤！”平心而论，诗做得很一般。当弟弟方孝友被捆到他的面前时，他罕见地留下了眼泪。方孝友也做了一首七绝告别哥哥：“阿兄何必泪潸潸，取义成仁在此间。华表柱头千载后，旅魂依旧回家山。”看来这弟兄俩还真是一样的驴脾气。八百多人杀完了，轮到方孝孺了，明成祖杀方孝孺就是用腰斩，传说一刀下去之后，方孝孺还以肘撑地爬行，以手沾血连书“篡”字，一共写了二十四个半才断气。他的学生也是高干子弟，德庆侯、廖永忠的两个孙子廖镛、廖铭，偷偷捡拾他的骨骸葬于聚宝门外山上，随后这两个仗义的学生随即被杀。方孝孺是中国历史上第一个、也是唯一被诛十族的人。

除去杀的人，此案还入狱、充军、流放一千多人。方孝孺的诗文在永乐年间是禁书，谁敢藏有，杀头。方孝孺死了，被用世界上最残酷但是最露脸的杀人法杀死了。在此之前，八百多姓方的、不姓方的，和方有血缘关系、没血缘关系，甚至连面都没见过的人像牲畜一样被杀掉了。

直到明仁宗即位，喻礼部：“建文诸臣，已蒙显戮。家属籍在官者，悉宥为民，还其田土。其外亲戍边者，留一人戍所，余放还。”到万历十三年三月，也就是方孝孺死后一百八十三年，“释坐孝孺谪戍者后裔，浙江、江西、福建、四川、广东凡千三百余人”。“有诏褒录建文忠臣，建表忠祠于南京，首徐辉祖，次孝孺云”。

被害人方孝孺被凶手朱棣的后人平了反。