秦琼到底参与没参与玄武门之变一直扑朔迷离。《旧唐书》之《太宗传》说“太宗率长孙无忌、尉迟敬德、杜如晦、宇文士及、高士廉、侯君集、程知节、秦叔宝、段志玄、屈突通、张士贵等于玄武门诛之(建成、元吉)”，但是《长孙无忌传》中说无忌、张公瑾等九人于玄武门讨建成元吉，与太宗传记载冲突。目前学界更认同“九人”这个说法好像。因为同是在《旧唐书》，《张公瑾传》提到张公瑾长孙无忌等九人伏于玄武门，《刘师立传》提到刘师立参与玄武门九人，《建成传》说“太宗将左右九人至玄武门自卫”，虽然各个版本九人的人选有出入，但都保持着“九人”，所以估计“九人”这个说法当时应该是个定论，而且长孙无忌作为秦王头号心腹是九人的首领无疑。

杜如晦是不会直接去玄武门的，作为一个文士，去玄武门参与真刀真枪这不是添乱吗。。有种说法是他率领剩下的老弱病残及妇孺保卫天策上将府即李世民的家。事实上建成元吉余部因玄武门关闭无法进入宫城，曾转过头来猛烈攻击秦王老巢，情形一度十分危险。

宇文士及也在其余章节里提到事发时他是陪在李渊身边的。宇文士及当时是宰执，肯定在皇上身边啊。。

高士廉也在别的传里提到因秦王在长安城力量严重不足，故私自去监狱释放囚犯并发放武器去支援李世民的。

秦琼只在太宗传里提到参与玄武门之变，其余均未提到，而且太宗传这个提法由上面可知也不严重不靠谱，故一般认为秦琼没参与玄武门之变。因为玄武门之变的直接起因就是元吉借故调走天策上将府诸员大将，秦王才逼急了。所以有人认为他可能被调到军营，因为他和程咬金都被李元吉列为出征突厥的名单。而唐代长安是实行宵禁的，晚上城门一关任谁也不能开门，而玄武门之变大概是凌晨进行的，所以秦琼可能没赶回来。。事变前，秦琼的功业、勋爵、职位、赏赐均高出敬德等人很多，但是事变后的功臣封赏他只有700户，比长孙无忌和敬德等的1300户差很多，比参加事变的张公谨、侯君集都低。所以这也是秦琼没参加玄武门的一个主要证据吧。