侯君集是李世民登上皇位的功臣。在玄武门之变中，李世民以少量人马截杀太子建成，齐王元吉，并与随后赶到的东宫府兵展开激烈的战斗。这一过程中，侯君集勇猛杀敌，在关键时刻保护了李世民。在李世民登基后，政变之中立功的一干人等都有封赏。这些功臣中，大部分一生都忠于李世民，然而偏偏是侯君集，被治了一个谋反之罪，最后被诛杀了。

关于侯君集的谋反，似乎不存在争议，因为李世民非常重视这个凌烟阁功臣，亲自审问过他，还有诸多证据可以援证，连侯的女婿贺兰楚石也与其当面对质。然而这并不令人信服，很可能他只是与太子走得比较近，而被太子的谋反活动所牵连了。

关于侯君集谋反的动机，通常有两个说法。

一是他学习李靖兵法的事情。

侯君集向李世民告状说，李靖想要谋反，理由是李靖讲习兵法时，在说到一些微妙之处时，总是藏着不讲了。为此，侯君集认为他有私心，想要造反。然而李靖的辩解却是——没有讲出来的地方是可以作为谋反之用的，侯君集急于知道，分明是有谋反的动机。

此外，李靖在看到侯君集骑马越过宫禁界限时没有察觉，就见微知著，推断他将来必有叛乱。

这一事件可能出自查实侯君集谋反案时的举报材料。在那个时候，反正侯君集的名声臭了，而君王又有查实之意，只好用这些事情来做诛心之论。

二是他平定高昌国后的不满之情。

侯君集所立的最大功劳之一，是平定了高昌国。高昌国地处西域，与突厥相勾结，阻断了大唐的西域经营之路。高昌自恃地方偏远，与大唐之间有2000里盐渍之地，水源断绝，难以通过。然而，侯君集硬是出奇兵攻克了高昌国，而突厥被吓得根本没敢来救援。

得到回朝后，迎面而来的，却不是掌声与鲜花，而是各种指责与痛骂。原因是，侯军集的部队在征服高昌的过程中，军纪不严，将士们抢劫财物的行为非常多。而侯君集自己也是私受财物之举。因此，侯君集一度被囚禁。

立了大功而被囚禁，自然有埋怨之声。这些声音也通过不同渠道传到了李世民的耳朵中，但李世民没有再加追究。

通过上面两件事，侯君集的谋反动机是有了，而且可以说，他这个人本性不良，早有越轨之心。

但是，这两件事与他的动机之间的关系都不是必然的关系，是看怎么解释的。李靖所说的可以谋反的兵法，恐怕古今中外都没有存在过。兵法之用在于成败，微妙之处在于人心，不管是不是谋反，都是可以用的。而立功而未赏，平常之人难免有不平之气，硬要把这事也谋反之心扯上关系，也过于牵强。即使立功有赏了，如果赏的与他想要的有差距，也会引起不满，这难道也要被作为谋反的证据吗？

细细整理史料，我们发现，侯君集并不是一个不知大体的人。他在攻打高昌国时，正好遇到高昌老国王去世，文武大臣正好聚在城外举行葬礼。部下们主张趁机消灭他们，而侯君集却说，我们是代天行事，不可以破坏国王的葬礼。于是唐军停顿了一下，等到高昌君臣回到城内再开展进攻。

由此可见，侯君集是个很不一般的将领，能将用兵与天道结合起来，这样的人，很难说会做出谋反之举。

后来，太子李承乾谋反。侯君集事先有所了解，但他却没有报告给李世民，相反闷在心中，弄得自己常常半夜惊醒。这样的行为，与其说是知情不报，不如说是怕离间了李世民父子之间的关系而左右为难。

后来太子被废，而侯君集伏诛，这恐怕就是一出代人受过的戏了。