秦朝末年，有史料可查的秦朝军队，主要分为三支，分别是蒙恬率领的驻防长城的北方兵团；由任嚣、赵佗率领的征伐岭南的南方兵团；拱卫都城咸阳的中央禁尉军。后来又增加一支由章邯率领的骊山囚徒组成的章邯军团。

蒙恬率领的北方兵团，在公子扶苏和蒙恬被杀后，逃亡了一部分。剩下的军队，除了一部分继续留守长城以外，主力军20万在新任主将王离的率领下，南下，配合章邯军团进攻赵国巨鹿城。结果，王离率领的20万大军，被以项羽为首的数十万义军联军围歼。王离军团的战斗力并不弱，只是被章邯出卖了，受到了至少两倍于己的义军的攻击，这部分秦军宁死不降，最终全军覆没。

章邯军团，主要由被大赦的骊山囚徒组成，战斗力非凡，在对义军的作战中，鲜尝败绩。但是由于章邯和赵高的矛盾，导致章邯率20万大军投降项羽，被项羽全部坑杀于巨鹿。全军覆没。

中央禁尉军，原本应该有十余万，其中一部分在陈胜的义军进攻关中时，编入了章邯军团，在巨鹿一战，投降被坑杀。另外在刘邦进入关中时，剩下的禁尉军全部投降刘邦，逃散了一部分；项羽屠咸阳时，又杀掉了一部分反抗的；还有一部分，被项羽编入了三秦王（雍王章邯，塞王司马欣，翟王董翳）的军队，归属三秦王统辖，此时的兵力已经很少了。

南方兵团，其实分为两批。第一批为屠雎和赵佗在第一次伐岭南时，带去的五十万秦军，但是由于后勤不济，加上水土不服，已经伤亡大半。而屠雎率领剩下的军队在进军时，又遭遇越人的埋伏，屠雎中毒箭而亡，所率军队几乎全军覆没。第二批为任嚣、赵佗第二次征伐岭南时带去的大约二十至三十万秦军。这些秦军在征服百越后，被秦始皇下令就地屯戍，在义军突起时，赵佗听从了已经病故的任嚣的建议，割据岭南，建立了南越国，后来归附西汉，最终被汉武帝所灭。

秦末的时候，除了南方军团，至少有五十万以上的秦军在跟各路起义军作战，最终这些秦军基本上全军覆没了。